Inkvizice patřila k nejtragičtějším a zároveň nejdéle fungujícím institucím středověké a raně novověké Evropy. Představovala systém církevních soudů, jejichž úkolem bylo vyhledávat, vyšetřovat a trestat osoby označované za „kacíře“. Zanechala po sobě rozsáhlou a temnou kapitolu evropských dějin.
Kořeny inkvizice sahají hluboko do 12.–13. století jako reakce na šíření teorií odlišných od oficiální církevní věrouky, jako jsou katarské a valdenské směry, které ohrožují jednotu církve.
Už papež Lucius III. (1097‒1185) v roce 1184 vyzývá biskupy k soudnímu vyšetřování kacířství, ale teprve postupné jmenování papežských inkvizitorů v roce 1227 dává všemu jasnější podobu.
V tomto období se inkvizice nerozvíjí jako jedna centralizovaná instituce, ale jako síť postupů a místních tribunálů, které mají za úkol potírat to, co církev považuje za nebezpečné, tedy všechna náboženská učení odchylující se od uznaných církevních názorů.

Tresty pro 150 tisíc nepohodlných osob
Nejslavnější podobu tvoří španělská inkvizice, založená v roce 1478 na základě listiny, kterou vydává papež Sixtus IV. (1414‒1484) na žádost aragonského krále Ferdinanda II. (1452‒1516) a jeho choti královny Isabely I. Kastilské (1451‒1504).
Funguje až do roku 1834. Během své historie prošetří podle některých odhadů až kolem 150 000 osob, z nich 3 000–5 000 upálí. Další tresty zahrnují veřejné ponižování, vězení či konfiskaci majetku.
Mezi nejznámější procesy patří útoky na konvertity, tedy křesťany židovského nebo muslimského původu, které podezírají z tajného zachovávání původní víry.
Významný je také proces s astronomem Galileem Galileim (1564‒1642), kdy římská inkvizice v roce 1633 odsoudí jeho učení o heliocentrismu, což se stává symbolem střetu víry a vědy.
Pak jsou tu legendami opředené auto-da-fé, veřejné ceremoniály, při kterých odsouzence předávají světské moci k výkonu trestu.
Britský historik Henry Kamen (*1936) ale varuje před přeháněním moci inkvizice a zdůrazňuje, že skutečná kapacita tribunálů byla často menší, než se tradovalo, a jejich účinek byl závislý na spolupráci s církevními a světskými autoritami.

Úpadek a zánik
V raném novověku se význam inkvizice mění. Portugalská inkvizice vzniká v roce 1536 a zaniká roku 1821, španělská formálně přetrvá až do 1834, kdy ji definitivně zruší kvůli politickým tlakům během napoleonských válek a následných reforem.
Římská inkvizice se transformuje do Kongregace pro doktrínu víry, která existuje i dnes, i když v trochu v jiné podobě.
Španělský historik Juan Antonio Llorente (1756–1823), sám bývalý sekretář inkvizice, poskytne první systematické dokumentované účty o jejím fungování a tím zásadně přispěje k pochopení její historie a činů.