Firma Baťa sice ve 30. letech prosperuje, ale nad Evropou se stahují mračna. Demokratický režim prohrává a v řadě zemí jsou nastoleny autoritativní a totalitní režimy. Československo nejvíce ohrožuje německý nacismus. Nacisté se k moci dostávají v roce 1933 a od té doby postupně uskutečňují své zrůdné plány.

V roce 1938 je Československo nuceno odstoupit svá pohraniční území a v březnu 1939 přestává existovat. Je pochopitelné, že nacistické Německo má o úspěšný Baťův podnik zájem. Šéf podniku Jan Antonín Baťa je dokonce nakrátko zadržen gestapem a později mizí ze země. Po válce bolševický režim na něj nakydal spoustu hnoje, včetně nesmyslu, že Jan Antonín plánoval ve spolupráci s nacisty odsun Čechů do Jižní Ameriky.

Je pravdou, že se sešel s Hermanem Göringem (1893–1946), ovšem jen kvůli tomu, aby s ním projednal otázku zavřených baťovských filiálek v Sudetech. Baťa se v exilu vyjadřoval jasně: „Přeji si velmi vzkříšení naší československé vlasti a stejně vroucí je i mé přání pro vítězství Anglie a spojenců,” píše v jednom z dopisů.

Aby nebyla společnost nacisty zkonfiskována, část rodiny Baťů zůstává ve Zlíně. Matka Tomáše Bati Marie Baťová, která vlastní 25 % akcií, a jednotliví ředitelé, jimž patří dalších 7 % tak firmu alespoň na chvíli zachraňují. Ze Zlína se podaří dostat několik desítek židovských rodin. Právě na toto etnikum mají nacisté spadeno nejvíce. Jan Antonín Baťa není žádný diplomat, nerozpakuje se říct to, co mu slina přinese na jazyk. Velmi si znepřátelí amerického prezidenta Franklina Delano Roosevelta (1882–1945), když ve volbách podporuje jeho protivníka. Krátce na to mu Američané neprodlouží vízum a Baťa odchází do Brazílie. Odsud finančně podporuje československý exil. Prezidentu Benešovi se ovšem donese, že jej Baťa často kritizuje, a nikdy mu to neodpustí. Ostatně tak se Edvard Beneš (1884–1948) ke svým názorovým oponentům choval často.

Po skončení války je společnost zestátněna a Jan Antonín Baťa v nepřítomnosti souzen. Obžaloba mu klade za vinu, že za války v cizině opatřoval nepříteli prospěch, a že podporoval fašistické a nacistické hnutí. Obou obvinění je sice zproštěn, ale nakonec je potrestán za to, že poškodil republiku tím, že se otevřeně nepřidal k odboji. Národní soud pak Jana Antonína Baťu odsuzuje k 15 letům žaláře, ke ztrátě občanských práv během výkonu trestu a ke konfiskaci majetku.

Baťa se i během války chová jako podnikatel, který nechce především ohrozit svou firmu. Politické elity možná očekávaly, že takový významná osobnost by se měla vůči nacismu vyjádřit otevřeně. Baťa to však neudělal. Proč? Důvody možná nastiňuje v jednom ze svých dopisů: „Souhlasil jsem a souhlasím s organizováním finanční pomoci pro československou věc. Nemohu však jednat veřejně, ač by to odpovídalo mému cítění a vkusu. Nemohl jsem se odhodlat k otevřené akci, když myslím na osud svých věrných spolupracovníků tam na druhé straně.“ Zda bylo chování Bati správné, necháme na našich čtenářích, každopádně soud z roku 1947 vůči němu byl vykonstruovaný. Baťa zůstává v Brazílii, kde pokračuje ve svém podnikání. Spor o značku Baťa prohrává v soudním sporu s Tomášem Baťou juniorem, který pokračuje v rodinném podniku v Kanadě.  Jan Antonín Baťa umírá v roce 1965.