Velká éra rozvoje nemocnic u nás nastává za vlády rakouského císaře Josefa II. (1741–1790), který 2. května 1782 zruší brněnský klášter dominikánek u kostela svaté Anny. O rok později se rozhodne založit zde špitál u sv. Anny. Roku 1785 už se čile přestavuje a původní klášter se mění v nemocnici.
„Císařsko-královský všeobecný zaopatřovací ústav“ zahajuje svůj provoz 2. ledna 1786. Už v roce 1786 disponuje vlastní nemocnice 80 lůžky, dalších 20 postelí připadá na porodnici, nalezinec a sirotčinec a pět pro pomatené.
Základ nemocnice tvoří dva sály, jeden pro muže, druhý pro ženy. V letech 1817–1819 dochází kvůli špatné finanční situaci k zestátnění porodnice, nalezince a sirotčince. Nemocnice pak patří pod zemskou správu a dostává státní podporu.
Zdatně čelí epidemii
Krátkou dobu během roku 1848 zde pracuje zakladatel genetiky Gregor Johann Mendel (1822–1884). Je vysvěcen na kněze a k farnosti, kde se stává kaplanem, přísluší i nemocnice. Ovšem duchovní péče poskytovaná pacientům ho vyčerpává.
„Mendel při pohledu na nemocné a trpící bývá postižen nepřekonatelnou bázní, která přechází až na okraj nebezpečného onemocnění,“ říká o něm opat Napp. Krátce po otevření jsou zde v provozu hned dvě nemocniční oddělení.
První pro interní choroby horečnaté a kloubní a dále externí oddělení chirurgické, které má na starosti kožní choroby, šedý zákal a také amputace. Roku 1804 zde vzniká očkovací ústav, který dokáže docela zdatně čelit epidemiím neštovic.
V průběhu 19. století se pak v nemocnici objevují různé pokrokové metody, například elektroléčba.
Dva domky
První ředitelem nemocnice hned po jejím vzniku se stává jistý Tomáš Pötzl. Bojuje s nedostatkem prostoru. Chybí mu například místo, kde by se mohli léčit pacienti s nebezpečnými chorobami. Tento problém vyřeší svérázně.
Na nemocniční zahradě dá postavit dva dřevěné domky. V jednom ubytuje nemocné neštovicemi, ve druhém ty, kteří mají vzteklinu.
