V roce 1576 se českým králem stává Rudolf II., který je podobně jako jeho habsburští předci i následovníci římskoněmeckým císařem. Zpočátku se zdá, že do českých zemí se vracejí staré zlaté časy, které je opustily se začátkem husitských válek.
Rudolf přestěhuje své císařské sídlo do Prahy, která se v té době stává centrem evropské kultury a vzdělanosti.
Kromě Keplera či Braheho, což jsou vědci uznávaní dodnes, v Praze působili i podvodníci, jako například známý magistr Kelley.
V zemi však panuje napětí mezi ctižádostivými šlechtici, kteří jsou navíc různého náboženského vyznání. Například katolík Jiří Popel z Lobkovic se prosazuje natolik, že se od něj dokonce distancují i papežští nunciové (reprezentanti Říma).
Nakonec je císař pod tlakem svého okolí donucen odsoudit Popela k doživotnímu vězení. Rudolf II. je pak ve své politice stále více pasivní a podléhá manipulaci svého okolí.
Císařův problém tkví v tom, že není zdráv. Trpí psychickými problémy, a i proto se před problémy okolního světa schovává u svých bohatých uměleckých sbírek. Navíc se při oblíbených nočních radovánkách nakazí syfilidou.
„V souladu s nápadným nálezem vyhojené destrukce horní čelisti jsme zjistili i zdvojení kompakty na tibiích (zdvojení plášťové vrstvy na holenních kostech – pozn. red.).
Oba tyto nálezy potvrzují pokročilou formu terciální syfilis, v tehdejší době nespecificky léčenou rtutí,“ potvrzuje Rudolfovu diagnózu o mnoho let později paleoantropolog Emanuel Vlček. Císařovy deprese vedou dokonce k pokusu o sebevraždu.
Je samozřejmé, že zlomený panovník jen obtížně zvládá situaci nejen v Čechách, ale i v Rakousku a v Uhrách, kterým Habsburkové vládnou. Intriky na dvoře vedou k tomu, že Rudolfovi příbuzní začínají usilovat o jeho sesazení.
Císařský trůn by podle jejich představ měl poté obsadit Rudolfův mladší bratr Matyáš.
V lednu 1611 do Čech vpadnou vojska Rudolfova bratrance Leopolda, který je pasovským biskupem. Praha je vydrancována a Rudolfova pozice poté neudržitelná. V květnu 1611 abdikuje ve prospěch Matyáše a o rok později v Praze umírá.
O sedm let později v Praze vypukne povstání, které se stane jedním z ohnisek třicetileté války.
