Patří k nejslavnějším českým světcům a jeho sochy stojí na mostech po celé Evropě. Okolnosti smrti Jana Nepomuckého však byly po staletí zahaleny legendami.
Zatímco lidové vyprávění tvrdí, že zemřel kvůli zpovědnímu tajemství královny Žofie, moderní historici se dnes shodují na jiném vysvětlení. Ve skutečnosti se Jan z Pomuku stává obětí tvrdého mocenského střetu mezi církví a králem Václavem IV.
Píše se březen roku 1393. Jan z Pomuku (1340/1350-1393), později známý jako Jan Nepomucký, zastává úřad generálního vikáře pražského arcibiskupa Jana z Jenštejna (1348-1400).
Vztahy mezi arcibiskupem a králem Václavem IV. (1361-1419) jsou tehdy na bodu mrazu. Spor vrcholí kolem bohatého benediktinského kláštera v Kladrubech. Král chce využít uvolněné opatství pro své politické plány a posílit vlastní moc.
Jan z Pomuku však jako církevní právník potvrzuje volbu nového opata, čímž královy záměry překazí. Rozzuřený Václav IV. nechává Jana zatknout spolu s dalšími arcibiskupovými spolupracovníky. Následuje výslech a kruté mučení.
Dobové prameny uvádějí, že Jan je natahován na skřipec a pálen pochodněmi. Ostatní vězni nakonec ustupují, on však zůstává neoblomný.

Skončí v řece
V noci z 20. března 1393 přichází rozsudek. Jana, zmučeného a pravděpodobně již umírajícího, odvlečou na Karlův most. Odtud ho královi muži svrhávají do rozvodněné Vltavy.
Některé historické prameny dokonce uvádějí, že měl roubík v ústech a byl spoután, aby nemohl volat o pomoc. Jeho tělo najdou až o několik týdnů později po proudu řeky. Právě tato dramatická smrt se stává základem budoucího kultu mučedníka.
Pozdější legenda vypráví, že nad místem, kde se tělo objevilo, zářilo pět hvězd. Odtud pochází i známá svatozář s pěti hvězdami, kterou známe ze soch Jana Nepomuckého.

Neprokázaná verze
Nejznámější příběh tvrdí, že Jan Nepomucký zemřel proto, že odmítl prozradit zpovědní tajemství královny Žofie. Tento motiv se však objevuje až desítky let po jeho smrti. Současní historikové ho považují za pozdější legendu.
Encyclopaedia Britannica připomíná, že tato verze byla katolickou církví v roce 1961 oficiálně označena za historicky neprokázanou.
Převládající názor dnešních badatelů proto říká, že Jan Nepomucký se stal především obětí politického a mocenského konfliktu mezi panovníkem a pražským arcibiskupstvím.
Jeho smrt tak nebyla důsledkem zpovědního tajemství, ale boje o vliv a kontrolu nad církevním majetkem v Českém království konce 14. století.