Už 6. března 1939, čtvrtý den po zvolení nechává nový papež Pius XII. poslat Hitlerovi prohlášení, ve kterém ho ujišťuje, že „jsme i nadále oddáni duchovnímu blahu německého lidu svěřenému Vašemu vedení.“ K němu na oplátku putuje „nejvřelejší blahopřání od vůdce a vlády.“
„Proč po tom všem, co se v Německu děje, ještě udržujete s tou zemí diplomatické styky? Jak si vůbec německý velvyslanec vás dovolí žádat o audienci?“ kroutí nechápavě hlavou někteří kardinálové nad počínáním nového papeže.
„Musím se k Hitlerovi chovat přátelsky,“ namítá ale Pius XI. (1876 – 1958). „Bylo by jednoduché odmítnout jednání. Ale víte, jaké ústupky by nás stálo rozhovory znovu navázat?“ odporuje jim papež. Věří, že u jednacího stolu dokáže víc, než kdyby režim jednoduše odsoudil.
Konference se nekoná
Když vidí, jak se nad Evropou stahují válečná mračna, snaží se zorganizovat mírovou konferenci ve své režii.
V okamžiku, kdy Adolf Hitler (1889 – 1945) v březnu 1939 požaduje koridor do polského města Gdaňsk, vycítí příležitost, jak zasáhnout do dění.
„Polsko by se mohlo podvolit požadavku Německa,“ předpokládá Pius XII. Sází na svůj vliv u silně katolických Poláků, a když má volit mezi mírem a válkou je ochoten gdaňský koridor obětovat. Sám se tak staví do role papeže, který rozhoduje o světských otázkách.
Papežský nuncius v Berlíně Cesare Orsenigo (1873 – 1946) ale po jednání s Hitlerem říká, že „pokud se Polsko uklidní a bude mlčet, aniž by prozatím v nějakém bodě ustoupilo, nebude záminka pro válku“. Pius XII. proto od své myšlenky uspořádat konferenci 10. května 1939 ustupuje.
Rozhodné slovo chybí
Když 1. září 1939 napadne Hitler Polsko, Svatý otec opět mlčí. 21. září 1939 přijme sice polského velvyslance ve Vatikánu kardinála Augusta Hlonda (1881–1948), vyslechne ho, ale nevysloví Polsku žádnou podporu.
Nespokojenost s jeho opatrnou politikou roste. Ozývají se i protihitlerovsky naladěné mocnosti.
Francouzský ministerský předseda Édouard Daladier (1884–1970) tvrdí v telegramu francouzskému vyslanci ve Vatikánu, že papežovo mlčení znamená souhlas.
Hlava církve se k dění vyjádří až encyklikou (papežský list určený věřícím na celém světě – pozn. red.) nazvanou „Temnota nad zemí“ z 20. října 1939, kde ovšem pečlivě volí slova.
Ani Francie, ani Velká Británie se přes veškerou snahu rozhodného slova od papeže nedočkají.
Nejodvážnější projev
Jakmile Hitler napadne 22. června 1941 Sovětský svaz, ten se zařazuje na válečnou stranu po bok Velké Británie a Francie.
Podporou Spojenců a otevřeného odsouzení Hitlera by se papež dostal do situace, kdy by mohl mlčky tolerovat komunismus, a to mu není po chuti. Má zkušenosti z roku 1919, kdy mu v mnichovské nunciatuře mířily pušky sovětských revolučních gardistů na hlavu.
Přesto cítí nacismus jako větší ohrožení. „Nebezpečí komunismu existuje, ale v této době je nebezpečí nacismu vážnější.
Chtějí zničit církev, rozšlápnout ji jako žábu,“ svěřuje se jednomu z jezuitů v roce 1942. V uších mu nejspíš ještě zní Hitlerovo prohlášení z prosince 1941: „Válka skončí a já považuji za svůj poslední úkol skoncovat s problémem církve.
Teprve pak bude německý národ v naprostém bezpečí“. I když ale má Pius XII. zprávy o „konečném řešení“ židovské otázky, k velké nelibosti Spojenců mlčí.
Navzdory tomu, že seřadiště, odkud římští Židé putují do koncentračních táborů, je hned za vatikánskými zdmi.
Teprve 24. prosince 1942 přednese rozhlasový projev, ve kterém mluví o „stovkách a tisících, kteří bez vlastní viny, někdy pouze pro svoji národní nebo rasovou příslušnost, jsou odsouzeni k smrti nebo postupnému vyhlazení“. Otevřenému odsouzení nacismu se ale opět vyhnul.
Tajná diplomacie
Kontroverzní papež Pius XII. se snažil během války získat více pomocí tajné diplomacie než v otevřeném konfliktu s Hitlerem.
Ačkoli vraždění Židů nikdy neodsoudil, někteří židovští autoři uvádějí, že díky obratné zákulisní diplomacii se mu podařilo ušetřit několik tisíc židovských životů. Židovský diplomat Pinchas Lapide (1922–1997) mluví dokonce o 850 tisících Židů.
Princip neutrality se snažil dodržovat i zřejmě i kvůli zkušenostem Vatikánu z první světové války, kdy mírová iniciativa Svatého stolce pohořela. Chtěl proto hlavně za všech okolností chránit katolíky, ať už stojí na polské nebo německé straně.
Po skončení 2. světové války přetrvává jeho odpor ke komunismu, který vyvrcholí v červnu 1949, kdy dekretem exkomunikuje z církve všechny členy komunistických stran. Až do své smrti v roce 1958 se snaží hájit mír.