Středověká alchymie měla vycházet z archaického vědění z doby před biblickou potopou světa. Podle představ alchymistů tehdejší všeobecné vědění bylo bohatší než to jejich doby. Zbytky předpotopních tajemství měla zachovávat hermetická filozofie.

Další zdroje alchymie byly v egyptské mysterijní tradici.

Legendy připisují objev alchymie egyptskému bohovi Thovtovi, který byl pokládán za autora 42 knih obsahujících veškeré vědění, včetně tzv. Smaragdové desky. Tyto knihy měly být ztraceny při katastrofě v Alexandrii roku 390.

Řecká tradice připisuje autorství spisů a Smaragdové desky Hermovi Trismegistovi, který měl být králem v egyptských Thébách.

To jsou však spíše jen báje. Za mnohem pravděpodobnější lze považovat, že alchymie vznikla spolu s metalurgií, která se z Egypta rozšířila do Řecka a následně pak do Říma. Se zánikem západořímské říše se tyto teorie obohacené o některé myšlenky helénistických filozofů dostaly dále na východ, kde je přejali a upravili Arabové.

Arabští alchymisté se kromě výroby kovů a filosofie začali zabývat i přípravou elixírů. Arabská alchymie se koncem 12. století dostala přes Španělsko do Evropy.

V Evropě se dále rozvíjela a byla akceptovanou metodou poznávání přírody až do 18. století. Nezřídka však přitahovala rozličné podvodníky a šarlatány a s prosazováním vědeckých metod a postupem poznání v oblasti přírodních věd zejména v 19.

století začala být alchymie považována za nevědeckou disciplínu.

V českých zemích dosáhla největšího věhlasu v období vlády císaře Rudolfa II., kdy se Praha stala středobodem zájmu mnoha alchymistů. Však se Praze také říkalo středověká Alexandrie a dodalo jí to ráz tajemnosti.

Jaký byl tedy přínos alchymie? Přestože se lze na ni dnes dívat s pousmáním, úplně bez významu není. Položila základy chemie a experimentální vědy. Pozitivisté by zřejmě nesouhlasili, ale byla i momentem, kdy poznání bylo propojeno s duchem přírody.

A v mnohých případech ukázala onu slavnou cimrmanovskou cestu: „Tudy ne, přátelé.“