Rozbroje nejen mezi křižáky a Byzantinci, ale i uvnitř vojska samotného způsobí, že se pro další část cesty rozdělí na dvě skupiny. Jejich cílem je město Antiochie.
Mezitím se skupina křižáků pod velením Balduina z Bolougne zmocní vlády ve městě Edessa a založí tam Edesské hrabství – první křižácký stát na území Svaté země. Bez ohledu na lenní přísahu císaři.
Obléhání Antiochie se vleče osm měsíců. Křižákům začínají povážlivě docházet potraviny a ve vojsku propukají choroby.
Viní Alexia ze zrady, protože jim nedodává zásoby, a proto většina velitelů křižáckého vojska odmítne Antiochii po dobytí přepustit císaři a přou se o to, komu připadne.
Nemohou však vědět, že Alexios obdržel nepravdivou zprávu, že jejich situace je beznadějná, a vrátil se na podzim do Konstantinopole.
Nejvíc jsou ve sporu o vládu nad městem slyšet Bohemund a Raimond, který jako jeden z mála hájí císařova práva. Bohemund si však nakonec prosadí svou, když v bitvě rozdrtí vojsko mosulského vůdce Körbughy, který městu přitáhne na pomoc.
Obránci se po bitvě vzdají, křižáci město zcela vyplení a Bohemund se stává jeho suverénním vládcem.

Svaté město zrudne krví
Po prohrané při o velení nad Antiochií se hrabě Raimond vydává k Jeruzalému. 7. června 1099 přitáhne se zbytkem armády ke Svatému městu a oblehne ho.
Několik útoků je odraženo, ale janovští křižáci rozeberou lodě, na kterých připluli, a sestrojí z nich obléhací věže. Na nich dosáhnou 15. července městských hradeb a vniknou do města. V jejich čele jsou lotrinské oddíly vedené Godefroyem. Hrabě Raimond zůstane znovu pozadu, jeho věž zastaví příkop.
Po zbytek dne i následující ráno křižáci rabují a vraždí s nesmírnou brutalitou. Podle dobových historiků povraždí více než sedmdesát tisíc lidí. Godefroy se prohlásí ochráncem Svatého hrobu, převezme nad Jeruzalémem vládu a založí Jeruzalémské království.
Křižáci se na výpravu vydají sice s cílem osvobodit Boží hrob, s vírou v srdci a přísahou na rtech, ale po dobytí města si počínají hůř než pohané. Bez rozdílu zabíjejí nejen muslimy, ale i Židy a zbytky křesťanů, kteří neutekli.
Arabský historik ibn al-Athir líčí, jak zapálili jeruzalémskou synagogu plnou lidí, kroužili kolem ní a zpívali. Masakr přežilo jen pár tisícovek obyvatel.
Raimond nezíská vůbec nic
Dobytím Jeruzaléma první křížová výprava pro mnohé křižáky končí. Většina z nich se s bohatou kořistí vrátí domů, jiní zůstanou a upevní postavení křižáckých států.
Hrabě Raimond, který znovu vyšel naprázdno, je znechucený zradou ostatních velitelů vůči císaři Alexiovi a odjíždí na sever.
Později se usadí v Latakii, kterou ochrání před nájezdem Bohemondových Normanů, jako leník císaře Alexiose obléhá Tripolis, ale ještě před dobytím města umírá.
Na jeho základu vznikne poslední křižácký stát, tripolské hrabství, vedené jeho nemanželským synem Bernardem.

Tvrdě proti Byzanci
Křižácké státy na území Byzantské říše budou existovat až téměř do konce 13. století.
Pro byzantskou říši tvoří ochranu před Seldžuky, a proto se s nimi snaží držet dobré vztahy, přestože Alexiose jejich vládci okradli o území, které mu lenním slibem přislíbili vrátit.
Přesto dojde ke sporům zejména mezi Alexiosem a Bohemundem, který vládne v Antiochii. V roce 1104 se vrátí do Itálie a zorganizuje křížovou výpravu proti Byzanci. O tři roky později jsou však Normané obklíčeni u hradeb města Drače a Bohemund se po roce vzdá.
O Jeruzalém a byzantské državy se později povede několik dalších urputných válek se Seldžuky a jejich následovníky, které budou mít za důsledek vyhlášení dalších křížových výprav. Celkem jich bude devět, ale žádná už tak úspěšná jako ta první nebude.
Na konci 13. století na území Byzance vpadnou Mamlúkové a všechny křižácké státy postupně zničí. Jako poslední padne 18. května 1291 město Akkon, čímž éra křižáckých států na Blízkém východě navždy skončí.
Od té doby budou poslední výspu křesťanství před Svatou zemí tvořit pouze křižácké státy v Řecku a na Kypru. I ty ale postupně padnou v 15. století po nájezdech Osmanů, kteří se nakonec roku 1683 dostanou až před hradby Vídně.